Guevara yakalandıktan sonra Bolivya'daki gerilla harekâtında karşılaştığı olayları yazdığı günlüğü de ele geçirilmişti. Günlük, onun Ñancahuazú'daki çiftliğe gelişinden kısa süre sonra, 7 Kasım 1966'de başlıyor, yakalanmasından bir gün önce, 7 Ekim 1967'de sonlanıyordu. 

Günlükte Bolivya Ordusu tarafından yerleri çok erken tespit edilen gerillaların operasyona nasıl hazırlıksız başlamak zorunda kaldığı, Guevara'nın daha sonra birbiriyle bağlantıyı kaybedecek olan birliğini ikiye bölme kararını açıklaması ve genel olarak başarısızlıkları anlatılır.

Guevara ile Bolivya Komünist Partisi arasındaki anlaşmazlık ve dolayısıyla Guevara'nın beklediğinden daha az askerle kalmış olması da günlükte kayıtlıdır. Guevara'nın yerli halktan asker bulamamasının sebebinin, gerilla grubunun yörede konuşulan Tupí-Guaraní dili yerine Quechua'yı öğrenmiş olması olduğu anlatılır. 

Harekât beklenmedik sona doğru giderken Guevara'nın hastalığı da ağırlaşır. Astım krizleri giderek daha zor geçmektedir ve son saldırılar ilaç bulabilmek amacıyla yapılmıştır.

Bolivya Günlüğü kabaca çevrilerek Ramparts dergisi tarafından basılıp hızla dünyaya dağıtılmıştır. 
Bundan başka dört günlük daha bulunmuştur. Bunlar Israel Reyes Zayas (takma adı "Braulio"), Harry Villegas Tamayo ("Pombo"), Eliseo Reyes Rodriguez ("Rolando")'ya  ve Dariel Alarcón Ramírez ("Benigno")'ya aittir.

Bu günlüklerin herbirinde konu olan olayların değişik yönleri dile getirilmektedir.